洁净室按用途分类可分为两大类：
①工业洁净室：
以无生命微粒的控制为对象。主要控制空气尘埃微粒对工作对象的污染，莱芜洁净室，内部一般保持正压状态。它适用于精密机械工业、电子工业(半导体、集成电路等)宇航工业、高纯度化学工业、原子能工业、光磁产品工业(光盘、胶片、磁带生产)、LCD (液晶玻璃)、电脑硬盘、电脑磁头生产等多行业。
②生物洁净室：
以控制有生命微粒(细菌)与无生命微粒(尘埃)对工作对象的污染。又可分为：
A.一般生物洁净室：
主要控制微生物(细菌)对象的污染。同时其内部材料要能经受各种灭菌剂侵蚀，10000级洁净室标准，内部一般保持正压。实质上就是其内部材料要能经受各种灭菌处理的工业洁净室。例：制药工业、医院(手术室、无菌病房)食品、化妆品、饮料产品生产、动物实验室、理化检验实验室、血站等。
B.生物学安全洁净室：
主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染。内部要保持与大气的负压。例：细菌学、生物学洁净实验室、生物工程
当标本制作室和保管室为同一空调系统时，洁净室，应能根据各室的温度条件，可以独立控制。
B、传染病解剖室应、标本制作室在解剖台上集中送风，100洁净室，按Ⅰ级手术室要求设计，室内可保持10000级，采用全新风系统。排风应设高效过滤器。对邻室保持-10Pa的负压。室外排风管道应为负压管道。
C、太平间应有足够的通风。设机械排风时须维持负压。
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