洁净室按用途分类可分为两大类：
①工业洁净室：
以无生命微粒的控制为对象。主要控制空气尘埃微粒对工作对象的污染，内部一般保持正压状态。它适用于精密机械工业、电子工业(半导体、集成电路等)宇航工业、高纯度化学工业、原子能工业、光磁产品工业(光盘、胶片、磁带生产)、LCD (液晶玻璃)、电脑硬盘、电脑磁头生产等多行业。
②生物洁净室：
以控制有生命微粒(细菌)与无生命微粒(尘埃)对工作对象的污染。又可分为：
A.一般生物洁净室：
主要控制微生物(细菌)对象的污染。同时其内部材料要能经受各种灭菌剂侵蚀，内部一般保持正压。实质上就是其内部材料要能经受各种灭菌处理的工业洁净室。例：制药工业、医院(手术室、无菌病房)食品、化妆品、饮料产品生产、动物实验室、理化检验实验室、血站等。
B.生物学安全洁净室：
主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染。内部要保持与大气的负压。例：细菌学、生物学洁净实验室、生物工程
在许多案例中，单向气流只在小空间和洁净室的敏感区域内使用，并且使用微环境。污染物的源头可能存在于手套箱、过滤模块等地方。多数设计为整体单向气流洁净室外的方案，只有在这些区域中没有作业者、生产设备和排风装置时才能实现单向气流。垂直或水平气流的选择，洁净室施工及验收规范，取决于房间的结构和设备的安放位置，紊流就可以将污染物带走。
洁净室内的架空地板是用来掩盖工具、设备与动力设备之间的电线、通讯电缆、水电、管道的连接的。后来，为了节约成本，在“bay-and-chase”式的洁净室结构中，这些架空地板被当作从港湾到夹层的回内通道。在完全单向气流的洁净室内，烟台洁净室，人们希望微粒从工作区域流到带小孔的地板下。我们已经成功的建立了10级和100级的洁净室，在这些洁净室内没有架空地板，100洁净室，采用墙下部回风系统，而且洁净室的气流被设计成紊流。
另个一种办法是用薄的空气喷射装置隔离超清洁区域，这种空气喷射的速度是每分钟500到800英尺。它的功能类似于塑料门帘。
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