控制系统:是整个洁净实验室-生物安全实验室安全运行的神经中枢。由于洁净实验室-生物安全实验室的实验对象是危险性的微生物，出于严格控制污染的原则，它要求以少的维护人员，运用至优化的管理维护手段，来实时监控每一个实验室中设备所处的物理环境，保证实验室运行过程中始终处于相对负压环境，防止危险性微生物外泄。
检测方案:是洁净实验室-生物安全实验室长期安全运行的保证。由于洁净实验室-生物安全实验室的特殊性，除了进行严格的设计、施工、调试外，为确保其安全性，实验室工作台，必须对其进行必要的工程检测和严格的验收，达到安全要求和使用要求后才可投入运行。另外，使用过程中的一些因素，如非专业的管理和使用，过滤器的更换等，都会对实验室的安全性产生影响，因此，使用中的定期检测与同样重要。
管道加工时应着重做好风管设备的清洁和管道加工过程中的密封措施。管道加工时应采用优质镀锌钢板制作，满足平整、光滑、坚固及耐侵蚀的要求;消声器内充填的消声材料应不产尘、不掉渣(纤维)、不吸潮、无污染，不得用松散材料，纤维材料应为毡式材料，外覆可以防止纤维穿透的包材。不应采用泡沫塑料和离心玻璃棉。风管制作前用中性洗涤剂去油污，制作过程中防止划伤，制作结束用白绸布揩擦内表面应无任何油污、灰迹为清洗合格。风管管段加工清洗合格后用塑料薄膜保护好风管两端再运至现场安装，所有风管配件及设备在安装前都须擦拭干净，否则不可安装。
管道连接及设备安装过程中应注意做好密封措施，避免二次污染，由于软管、软接头有滞尘的问题，所以净化管道和机动设备连接时可用软接头，泰安实验室，但在管路上不宜使用。
其次，控制二次微生物污染比二次污染更有意义，也更容易被忽视。二次微生物污染含在二次尘污染中，主要含在空调处理装置中。空调处理装置在运行时积累的细菌和尘粒，实验室设备，在停运期间，高温高湿的环境和尘粒提供的营养为微生物的繁殖提供了有利的条件。新繁殖的微生物及其释放出的有害有味气体和大量有害代谢物、尸体和碎片这之中有很大一部分是高效过滤器不能阻挡的，实验室认可，于是就构成了微生物二次污染。
后，组合式空调机组所有接缝处都应作密封处理，表冷器凝结水排水管上设水封，以保证空调器密闭不漏风。
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